Система повышения квалификации специалистов со средним медицинским и фармацевтическим образованием начала формироваться в России c шестидесятых годов с повсеместно открывающихся курсов повышения квалификации и специальных училищ этого профиля. В Бурятии такие курсы были созданы на базе Республиканской больницы им. Н.А.Семашко в 1961 году.
Возрастающие потребности практического здравоохранения в высококвалифицированных специалистах вызвали необходимость создания самостоятельного образовательного учреждения повышения квалификации. В 1990 году на базе курсов открыто училище повышения квалификации работников со средним медицинским и фармацевтическим образованием, которое спустя год преобразовано в Республиканский учебный центр Минздрава РБ. В 1998 году было открыто врачебное отделение, которое осуществляло организацию и проведение выездных сертификационных циклов, профессиональную переподготовку, краткие тематические циклы усовершенствования для врачей, обучение врачей-интернов.
В 2000 году учебный центр был преобразован в Республиканский учебно-научно-методический Центр повышения квалификации работников Министерства здравоохранения Республики Бурятия.
На основании Постановления Правительства Республики Бурятия от 18 февраля 2008 г. №71 «О реорганизации государственных учреждений здравоохранения Республики Бурятия» организовано отделение по реализации дополнительного профессионального образования в составе ГАПОУ РБМК.
Значимый вклад в развитие системы постдипломного образования внесли: Мадыева Л.Д., Тармаев В.В., Маланов К.Ж., Бубеев В.Б., Цыремпилов Ю.Б.
Заведующие курсами и директорами учебных заведений постдипломного образования медицинских работников в разное время были Котух Ольга Ивановна, Умнова Лидия Павловна, Бардонова Роза Намсараевна, Ракшаин Октябрина Кирилловна, Минтаханова Галина Еремеевна, Хингеева Светлана Лаврентьевна, Махакова Галина Чулуевна, Митупов Михаил Батомункуевич.
